Samurai Deeper Kyo bercerita tentang seorang pemuda yang bernama Mibu Kyoshiro yang memiliki berkepribadian ganda yaitu Kyo si Mata Iblis. Petualangan Kyoshiro dimulai saat dia bertemu dengan Shiina Yuya dan lawan-lawan tangguhmu bermunculan yaitu Okuni dan Benitora. Awalnya mereka berdua adalah musuh, tetapi mereka tertarik dengan 'Kyo si Mata Iblis' lalu ikut dengan Kyo, bahkan Samurai terkenal dari klan Sanada juga ikut menjadi rekan Kyo.